国产离子色谱仪的分离过程,在色谱柱中,填充了无数的离子交换剂作为离子分离的固定相,固定相上吸附了很多阳离子.充满色谱柱的流动相为某种盐的溶液,在没有样品进入时,薄层层析板流动相中的阴离子和固定相的阳离子保持平衡.样品中含有两种待分离阴离子,比表面积测定仪基中体积较大的A与固定相的正电荷作用力较大,而体积较小的B作用力小.在样品进入色谱柱后,阴离子A、B与流动相阴离子一同前进，三种离子不断的交替占据与固定相阳离子相吸的位置,样品阴离子A与正电荷的作用力较大因而移动较慢,固相萃取而B移动较快,从而实现了分离.
国产离子色谱仪是液相色谱仪的一种,其有别于传统离子交换色谱柱色谱的主要是树脂具有很高的交联度和较低的交换容量，进样体积很小，用柱塞泵输送淋洗液通常对淋出液进行在线自动连续电导检测.
国产离子色谱仪的工作原理,例如几个阴离子的分离，样品溶液进样之后，首先与分析柱的离子交换位置之间直接进行离子交换（即被保留在柱上），如用NaOH作淋洗液分析样品中的F-、Cl-和SO42-，保留在柱上的阴离子即被淋洗液中的OH-基置换并从柱上被洗脱。对树脂亲和力弱的分析物离子先于对树脂亲和力强的分析物离子依次被洗脱，这就是离子色谱分离过程，淋出液经过化学抑制器，将来自淋洗液的背景电导抑制到zui小，这样当被分析物离开进入电导池时就有较大的可准确测量的电导信号.
