液相色谱仪系统大致分为五个部分：流动相前处理部分、输液部分、进样部分、分离部分和检测部分。
1、流动相前处理部分：流动相前处理主要包括过滤和脱气，使用设备主要为溶剂过滤器、真空泵和超声波。
a、过滤：HPLC所用流动相必须预先过滤和脱气，过滤的作用是防止颗粒性的杂质堵塞系统，或影响单向阀的正常工作。过滤时需要注意滤膜的选择，油膜和水系膜必须分开使用。水膜易有机溶剂溶解而进入系统导致泵流路和色谱柱头的堵塞。
b、超声：超声的作用是去除流动相中的气泡。超声时间一般在20min即可。超声后，液体温度会升高，应冷却到室温再使用。超声后的流动相若需隔天使用再次超声。
2、输液系统：输液系统即是指高压恒流泵，其作用是能提供稳定准确的流速。
a、溶剂过滤头：吸液过滤头，或称沉子，主要作用是过滤流动相中可能存在的颗粒性杂质。长时间使用后，杂质有可能阻塞溶剂过滤头上的过滤板孔隙；或长时间使用缓冲液，过滤头表面容易产生一层膜，阻碍流动相正常通过。严重时，即使是已超声过的溶剂，泵吸液时也会有气泡在四氟输液管里产生，因此应经常对过滤头进行清洗。清洗溶剂可以选择乙醇或者30%稀硝酸溶液，正相系统需注意滤头的烘干处理。
b、单向阀：单向阀的作用是确保液体向一个方向流动，是高压恒流泵稳定输液的保证。日常使用过程中，可以通过观察压力的情况，初步判断流量是否正常。如果系统已经平衡一段时间，压力应该是稳定的。但如果压力存在波动，则表明流量不稳定；如果无压力，则表明无流量。这两种情况大多是因为单向阀里混入了气泡或杂质。混入气泡的情况，应把放空阀打开，按冲洗键将里面的气泡排出。单向阀混入杂质的情况，须对其进行清洗。清洗溶剂可以选择乙醇，安装时注意标记环的方向。
c、密封圈：密封圈是固定在柱塞杆上防止泵腔内的液体泄漏，是保证泵头输液正常的关键部件。但柱塞杆和柱塞密封圈长期使用会发生磨损，主要与流量、操作压力和所使用的流动相有关。当使用含盐的流动相时，由于脱水或蒸发，可能形成盐结晶，而泵运动时盐结晶会导致密封圈和柱塞杆的磨损。因此，每天实验前和实验后都需用纯水冲洗一次密封圈(在柱塞密封圈和二级密封圈之间)，保持清洗管内有水以防止形成晶体，延长柱塞杆和密封圈的使用寿命。
d、在线过滤器：为了防止由于流动相杂质微粒进入色谱系统，泵在放空阀内安装了在线过滤器，经泵出口流出的液体通过在线过滤器，经排空管流出的液体不通过在线过滤器。仪器使用一定时间后，建议用户清洗在线过滤器的烧结不锈钢过滤片。用扳手卸下压帽，将密封环和烧结不锈钢过滤片一同取出清洗，清洗后按原位装上。清洗溶剂可以选择30%稀硝酸溶液，正相系统需注意滤头的烘干处理。
3、进样系统：进样系统分为手动进样阀和自动进样器。
a、手动进样阀：对于手动进样阀使用过程中需要注意每个样品进样完成后应对进样阀进行清洗，防止残留对下一个样品分析的影响。还需要注意进样方式，以20μL定量环为例，我们可以选择*充满定量管或部分充满定量管。为了保证进样的重复性，选择*充满定量管进样方式时，需要注入定量环体积3倍以上的样品;选择部分充满定量管进样方式时，进样体积应在定量管体积一半以下，即1-10μL。
b、自动进样器：如果采用自动进样器进样，首先需要保证注射器里面没有气泡存在，否则影响进样量准确性;其次是样品瓶里面有足够的样品，保证进样针能够吸到样品。为了避免交叉污染需要定期对样品瓶、盖和垫进行清洗。若自动进样器长时间不使用，应该注意：腐蚀性的流动相或洗液(例如，碱性或酸性缓冲溶液)必须*从系统中置换出来。同时，为了避免细菌的生长，应将一个样品瓶中充满甲醇，并重复几次进样操作。
4、分离系统：分离系统包括色谱柱、保护柱以及柱温箱。
a、色谱柱：色谱柱是样品分离的核心。色谱柱在使用前必须仔细阅读说明书，了解色谱柱使用的pH值范围、溶剂耐受范围、压力范围和维护方法等事项。色谱柱使用完后，需及时对色谱柱进行冲洗。冲洗完成后，应该将色谱柱从仪器上拆下来，两端用厂家配的堵头密封后，保存在色谱柱盒里。
b、保护柱：保护柱的作用主要是防止吸附性强的杂质对色谱柱污染，从而延长色谱柱的寿命。针对不同型号的色谱柱，应选择相对应填料的保护柱。应注意柱芯也是有寿命的，应该定期进行更换。
c、柱温箱：色谱柱温度变化，可能会导致保留时间的变化。为了避免这个问题，建议使用柱温箱。
5、液相色谱仪的检测系统：HPLC常用的检测器是紫外检测器。在日常使用过程中紫外检测器主要需要注意检测池和氘灯的使用与维护。
a、检测池：检测池长时间使用可能会造成污染，如果仪器的参比能量(REF ENERGY)正常，测量能量(SMPENERGY)偏低，可能为检测池污染导致，可以对检测池进行清洗。对检测池零件的进行清洗，一般先采用约1：4的硝酸溶液超声清洗，分别用纯水和甲醇溶液清洗，然后重新组装并将检测池池体推进池腔内，拧紧池板螺丝。注意组装中，池玻璃及垫片一定要放正，以免压碎池玻璃，造成检测池泄漏。
b、氘灯：氘灯正常使用寿命可在1500小时以上。灯的使用寿命与检测器的使用时间和开启频率有关，因此使用过程中应尽量节省不必要的开机时间，减少开关频率，以延长氘灯的使用寿命。如果准确地判断出氘灯已经不能点亮或能量太低，则需要更换新的氘灯。在购买氘灯时，应注意咨询和核对氘灯的型号与仪器型号是否匹配。更换到氘灯时，参照仪器说明书中的相关内容，特别要注意氘灯连接线的位置顺序。
