色谱柱由柱管、压帽、卡套(密封环)、筛板(滤片)、接头、螺丝等组成。柱管多用不锈钢制成，压力不高于70kg/cm2时，也可采用厚壁玻璃或石英管，管内壁要求有很高的光洁度。为提高柱效，减小管壁效应，不锈钢柱内壁多经过抛光。也有人在不锈钢柱内壁涂敷氟塑料以提高内壁的光洁度，其效果与抛光相同。还有使用熔融硅或玻璃衬里的，用于细管柱。色谱柱两端的柱接头内装有筛板，是烧结不锈钢或钛合金，孔径0.2~20µm(5~10µm)，取决于填料粒度，目的是防止填料漏出。
色谱柱的安装：
⑴、用过滤和脱气的流动相(不含缓冲盐)*冲洗色谱仪的泵和管路，务必使系统中不含气泡。
⑵、根据色谱柱上所标示的流动相流向，将色谱柱入口与泵端管路相连，柱出口不连。
⑶、将泵的流速设为0.1mL/min或更低，流速缓慢地上升到正常流速(t>5min)。⑷、当溶剂从色谱柱出口端自由流出时，将流速设为0，把柱出口与检测器端的管路相连。
⑸、用10-30倍柱体积的流动相、正常流速平衡色谱柱。
⑹、氨基柱、氰基柱既可在正相环境下使用，也可在反相环境下工作。当需要从反相变为正相或正相变为反相时，需要用20-30倍柱体积的THF作为过渡溶剂冲洗系统，否则易使泵的单向阀堵塞，出现压力异常的现象。
