色谱柱适用于分析绝大多数的非极性物质和很多的可离子化的及离子化合物。
如果污染是因为重复进样时强保留物质的累积引起的，利用简单的清洗步骤来除去这些污染物往往就能恢复其色谱性能。经过等度运行后的色谱柱，有时用90～100%含量的溶剂B(双溶剂反相系统中洗脱能力较强的溶剂，如甲醇、乙晴、四氢 呋喃等)冲洗20个柱体积可以清除污染物(色谱柱的柱体积和空柱管体积概念不同，一根4.6x250mm柱子的柱体积只有2.5ml，2.1x150mm的是0.28ml)。
如果使用的是缓冲盐系统，不要直接切换到强溶剂，突然转换到高浓度有机溶剂可能会使HPLC流动体系中的缓冲盐沉淀，这样会导致更大的问题，如柱头筛板堵塞、连接管路堵塞、泵泄漏、活塞损伤或进样阀转轴失灵。应该先用无缓冲盐流动相(即把缓冲液换成水)，冲洗5～10个柱体积以后才切换到用强溶剂清洗。
有时候，强溶剂B也没法把残留在色谱柱上的污染物洗掉。那么就需要用更强的溶剂或者是系列溶剂组合。
如果污染物不是生物质的，一种强溶剂或几种溶剂组合清洗基本能解决问题。柱子生产厂家的网页和产品说明书上很多也有清洗方法推荐。
所有的清洗方法的模式普遍都类似，溶剂系列中所用溶剂的强度逐级增加，一个溶剂往往是非极性(疏水性)很强的(如醋酸乙酯甚至是烷烃)，以便于溶解脂质、油类等非极性污染物。溶剂系列中每个溶剂都保证能与下一个溶剂互溶。
整个清洗过程结束后，在回到原来的流动相体系前，必须借助一个中等强度的互溶性非常好的溶剂过渡。例如， 异丙醇是一个非常好的过渡溶剂，它既能与正己烷或二氯甲烷互溶又能与水相溶剂互溶。但是异丙醇粘度非常大，必须确保较低的流速以免使泵压过高。
