色谱柱度优化功能，或“GO”功能，把线性梯度转化成阶梯梯度，在已确认的洗脱峰附近，优化洗脱条件。先用一个小的色谱柱纯化一个小部分样品，一旦运行完毕，选择优化按钮。然后选择目标峰，一个新的，优化了的，基于梯度洗脱方法就自动产生了。选择一个新的色谱柱和收集支架，分离方法就根据新柱子的大小自动调整， 并准备运行。
色谱柱污染后的清洗和再生：
当柱子被污染，它的色谱行为和没被污染的柱子会有些不同。被污染的柱子能产生反压问题。被污染的反相柱子必须清洗和再生才能恢复原来的操作条件。
再生被污染HPLC柱子的关键是知道污染物的性质并且能找到适当的溶剂来去除。如果污染是因为重复进样时强保留物质的累积引起的，利用简单的步骤来除去这些污染物往往能恢复其色谱行为。有时候，经过多次操作以后的色谱柱用90～100%的溶剂B(双溶剂反相系统中较强的溶剂)冲洗20个体积可以**污染物。例如，柱子中残留的脂质就能用非水溶剂如甲醇、乙晴、四氢呋喃。
一般来说，所有的清洗方法都有类似的形式。所用的溶剂都是随溶剂强度增加，经常*后一个溶剂是非常疏水的(如醋酸乙酯甚至是烃)，可以用来溶解非极性物质如脂质和油类。我们必须保证一系列溶剂中每个溶剂都能与下一个溶剂互混。清洗过程要结束时，必须借助一个中等强度能互混的溶剂而回到原始溶剂系统。例如，异丙醇是一个非常好的作为中间步骤的溶剂，因为它能与正己烷或二氯甲烷互溶又能与水相溶剂互溶。但是异丙醇粘度非常大，必须确保较低的流速以免使泵压过高。冲洗色谱柱时，冲洗液由色谱柱出液端直接接入废液瓶，不能流经检测池，以**测池被污染。
反相色谱柱没有使用缓冲溶液，请使用以下溶剂系列再生：
100%甲醇→100%乙腈→75%乙腈-25%异丙醇→100%异丙醇→100%二氯甲烷→100%正己烷→100%二氯甲烷→100%异丙醇→100%乙腈。
反相色谱柱使用缓冲溶液，请使用以下溶剂系列再生：
水→乙腈→氯仿(或异丙醇)→乙腈→水。
表 用来冲洗的溶剂体积、时间
色谱柱尺寸 柱体积 所用溶剂的体积 冲洗时间
150-4.6 2.5ml 50ml 50min
250-4.6 4.2ml 80ml 80min
每种溶剂至少冲洗20个柱体积。如250mm×4.6mmHPLC分析柱，可以用1ml/min的流速来冲洗，冲洗后使用没有缓冲的流动相进行平衡色谱柱。
注：如果简单的有机溶剂/水的处理不能够*洗去硅胶表面吸附的杂质，说明色谱柱严重污染，冲洗溶剂可以用①0.05M稀硫酸，②二甲基亚砜(DMSO)，③二甲基甲酰铵-水(50：50)，用低于0.5ml/min的流速冲洗非常有效。
