色谱柱的键合基质分为硅胶基质、聚合物基质等，其中硅胶基质应用较为广泛，其特点主要包括以下3方面：
(1)低pH值，硅胶键合键容易水解(pH<2)；高pH值，硅胶容易溶解(pH>8)。
(2)在接近中性的条件时，硅醇基裸露，显酸性，不适宜分离碱性化合物。
(3)某些硅胶被一定金属污染，这些金属会引起峰的不对称或拖尾，甚至化合物的死吸附。
色谱柱的硅胶基质可分为全多孔硅胶微粒、杂化硅胶颗粒和实心核硅胶颗粒。
1、全多孔硅胶基质
全多孔硅胶，以其全多孔的结构特点具有很高的比表面积，故具有很高的柱效。其机械强度大的特点可保证填充床长时间在很高的操作压力下工作，柱效保持稳定，同时刚性、高强度的微粒还使柱子的反压较低，寿命较长。
2、杂化硅胶颗粒基质
为改善纯硅胶基质的不足，杂化硅胶颗粒应运而生，具有高稳定性、耐受pH及高机械强度的特性，能够改善高pH值条件下硅胶内部水解的问题。
3、实心核硅胶颗粒基质
实心核颗粒，即表面多孔实心核颗粒，与全多孔硅胶比较，由于颗粒密度大、颗粒大小分布窄，传质阻抗、涡流扩散降至低，从而柱效较高，峰容易过载，多次进样后柱压升高。
