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是装填有固定相用以分离混合组分的柱管。多为金属或玻璃制作。有直管形、盘管形、U形管等形状。色谱柱是消耗品，会随使用时间或进样的次数增加，出现色谱峰高降低，峰宽加大或出现肩峰，柱效下降。
导致色谱柱性能下降的原因：
1.色谱柱破裂
熔融石英毛细管柱的聚酰亚胺涂层如有少许破裂它会断裂，聚酰亚胺涂层保护着脆弱的熔融石英毛细管，柱箱连续地加热和冷却，柱箱风扇的震动，把色谱柱绕在圆形柱架上都会对毛细管造成应力，后在很小的弱点处会破裂，聚酰亚胺涂层形成的划痕或磨损处会造成弱点，当利刃或薄片触及毛细管时常会造成划痕，色谱柱挂钩和标签、柱箱中的金属边缘、色谱柱切割器和实验室实验台上各种类似的东西都是利刃或薄片的来源。
色谱柱自身破裂的情况很少，色谱柱制造业注意剔除任何有弱点的柱子，以免使色谱柱的性受到影响，大内径柱更容易破裂。
2.热损坏
超过色谱柱的温度上限会造成色谱柱固定相和管表面的加速损坏，这样会造成色谱柱的过量流失，活性组分形成拖尾，柱效降低。因此，在色谱柱明显的损坏以前于温度极限以上运行需较长时间，当有氧存在时会大大加速热损坏，在有泄漏或过加热加温色谱柱会加速损坏并性损坏色谱柱。
设定GC的柱温在色谱柱高温极限或稍高于这一极限是避免热损坏的方法，这样可避免色谱柱意外的过热，如果色谱柱受到热损失，它仍然还会有一定的功能。把色谱柱从检测器上卸下来，在极限的恒温温度下加热8-16小时，把色谱柱接到检测器的一端截去10-375px，按正常情况安装色谱柱并进行老化。但是这一色谱柱不能恢复到原来的性能，可是常常仍具有一定的功能，在热损坏之后色谱柱的寿命会缩短。
