离子色谱和液相色谱从色谱原理上分类，离子色谱属液相色谱的一种，但由于离子色谱与普通液相色谱在结构和分析对象上有一些差异，一般作为独立的一个色谱大类考虑。离子色谱与液相色谱的差别主要体现在仪器结构和应用范围两个方面。
1)在仪器结构方面：离子色谱和液相色谱均有溶剂输送系统、进样系统、检测系统和信号记录和处理系统，但由于离子色谱和液相色谱所用的流动相不同，因而检测方式及信号处理也不同，在各部件上有一些差别。
A、离子色谱一般采用酸、碱及盐的水溶液作为流动相，要求系统可以耐酸、耐碱，因此通常离子色谱装置采用非金属材质。例如：采用聚醚醚酮（PEEK）塑料作为泵体、流路和阀体等要求耐高压的部分，而以聚四氟乙烯或PEEK材料作为检测器，外接管路等。由于加工和强度方面的差异，一般情况下全塑的材料在耐压强度和精度上比金属材料要略低一些。
液相色谱一般采用有机溶剂作淋洗液，因此多数采用金属泵体，可以耐任何类型的有机溶剂，但对于酸或碱性流动相，易产生腐蚀现象。随着液相色谱在生物领域的广泛应用，为了避免金属对一些生物活性物质的吸附作用，一些在生物方面应用的液相色谱仪器也采用PEEK材料作为泵体、流路和阀。在这一领域，离子色谱和液相色谱具有了一定的通用性。
B、离子色谱可分为抑制型和非抑制型，采用抑制器的抑制型离子色谱目前应用广泛。液相色谱没有类似的装置。抑制器在结构上与液相色谱的柱后衍生系统相似，但抑制器是抑制型离子色谱*组件之一。非抑制型离子色谱不用抑制器，与液相色谱十分相似，一些非抑制型离子色谱有时可以采用液相色谱的泵、流路和进样阀。
C、检测器是离子色谱与液相色谱的又一主要差别。液相色谱常采用紫外-可见光度检测器；而离子色谱较通用的是电导检测器。
2)离子色谱与液相色谱的分析对象差别很大。液相色谱作为分析仪器中较广泛使用的一类仪器，在许多领域中被广泛应用。采用液相色谱时，常要求被测物具有一定光度吸收，因此液相色谱一般可以用于有机化合物的分析。而离子色谱主要利用离子在水溶液中电离产生电导的特点，因而主要用于无机离子的分析。当然，离子色谱和液相色谱的应用并不是的没有交叉，目前离子色谱已经广泛用于有机化合物的分析，而液相色谱也可以解决大量无机离子的分析问题，两种分离模式具有一定的互补性。一些液相色谱无法解决的分析难题，可以尝试用离子色谱的方法来解决。
